Virus Ninja 2 es un juego de reacción en el que el jugador tiene que cortar los virus en pedazos. Peligrosas cepas de virus se están extendiendo por todas partes. En este juego, el jugador puede atacarlos como un ninja, cortando los virus en dos y haciéndolos estallar. El objetivo es matar el mayor número posible de virus en el tiempo establecido, y llenar el termómetro hasta el lado derecho de la pantalla.